結論から書くと、

「System32」フォルダの中には64bitプログラム用のファイルが置いてある
「SysWOW64」フォルダの中には32bitプログラム用のファイルが置いてある

です。

それでは詳細を書いていきます。

64bitのWindowsパソコンを使っている方はご存知の方も多いでしょうが、
64bitのWindowsパソコンには


というフォルダと

というフォルダがあります。

実は私、恥ずかしながら、このフォルダの位置付けを今まで勘違いしておりました。

名称から何となく「System32」は32bit時代からあるファイルが、
「SysWOW64」は64bitになって追加されたファイルが入っていると思っていたのです。
つまり、32bitプログラムは「System32」を、64bitプログラムは「SysWOW64」を見るとの解釈ですね。

これが力いっぱい勘違いでした（＾＾ゞ
どれくらい「力いっぱい」かと言うと、まるっきり正反対でした。

正解は

「System32」フォルダの中には64bitプログラム用のファイル（64bitバイナリ）が、
「SysWOW64」フォルダの中には32bitプログラム用のファイル（32bitバイナリ）が置いてある

のだそうです。

「WOW64」が「64bitなWindowsで32bit用のプログラムを動かすための仕組み」で、
WOW64用のフォルダ、つまり32bit用のプログラムのためのフォルダが「SysWOW64」なのだそーな。

「System32」フォルダ配下のファイルをプログラムから参照する場合、
64bitのプログラムであれば、普通に「System32」フォルダ配下のファイルが参照されます。
これが32bitのプログラムの場合は、WOW64の仕組みによって、
一部「SysWOW64」フォルダ配下のファイルにリダイレクトされるんですってさ。

単純に数字だけを見て「32だから32bit用、64だから64bit用」と思い込んでいましたが、逆でした。
きゃー、恥ずかしいっ（＊ノノ）

皆さんも、私のように恥ずかしい思いをしないようにご注意ください。
「System32」が64bit用で「SysWOW64」が32bit用ですよ。

そんな感じ＼（－－）／